Mặc dù đã đạt được những kết quả rõ rệt trong việc thực hiện Nghị quyết 19 của Chính phủ về quản lý hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu song vẫn còn nhiều tồn đọng mà ngành phải chú trọng giải quyết nếu muốn nâng cao chất lượng phục vụ.