Doanh nghiệp cần làm gì để hồ sơ hoàn thuế GTGT được chấp nhận?

Ngày 1/7/2025, Chính phủ ban hành Nghị định 181/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 1/7/2025) về việc hướng dẫn thi hành pháp luật thuế giá trị gia tăng (GTGT), nhằm chuẩn hóa việc thực thi chính sách, xử lý các vướng mắc trong khấu trừ, kê khai và hoàn thuế, đồng thời tăng tính minh bạch trong quản lý thuế đối với hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh.

Một trong những nội dung đáng chú ý của nghị định là quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, đặc biệt với các dự án có thời gian triển khai kéo dài. Thực tiễn đặt ra câu hỏi đối với nhiều CFO và kế toán trưởng: Dự án bắt đầu trước ngày 01/7/2025 nhưng vẫn đang trong giai đoạn đầu tư có còn được áp dụng cơ chế hoàn thuế theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP hay không?

Câu trả lời là có, nhưng kèm theo các điều kiện và yêu cầu kê khai riêng. Quy định này không chỉ làm rõ quyền lợi thuế cho các dự án đang trong giai đoạn đầu tư, mà còn góp phần hỗ trợ dòng tiền cho doanh nghiệp khi chưa phát sinh doanh thu.

Nguyên tắc áp dụng hoàn thuế GTGT

Theo nguyên tắc áp dụng chính sách, các dự án đã triển khai trước thời điểm nghị định có hiệu lực nhưng chưa đi vào hoạt động sản xuất - kinh doanh vẫn thuộc diện xem xét hoàn thuế GTGT, nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.

Cụ thể, theo Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tự (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư khống hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuể giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư 43 hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại Điều này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.

Điều này đồng nghĩa với việc, dự án bắt đầu trước ngày 1/7/2025 nhưng chưa đưa vào hoạt động sản xuất - kinh doanh vẫn có thể được hoàn thuế GTGT, nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định tại Điều 30. Đây là điểm được nhiều doanh nghiệp đầu tư lớn - vốn gắn với dòng tiền kéo dài - đón nhận tích cực.

Điều kiện pháp lý để được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

Hoàn thuế GTGT không phải là “mặc định” mà doanh nghiệp nào cũng có thể đăng ký. Theo tinh thần quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp muốn được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư cần đáp ứng những điều kiện sau:

Việc đáp ứng những điều kiện này không chỉ là yêu cầu pháp lý mà còn là bài toán quản trị dòng tiền và tuân thủ minh bạch, đặc biệt với các nhóm dự án đầu tư quy mô lớn.

Trọng tâm của vấn đề không chỉ nằm ở việc đáp ứng điều kiện pháp lý, mà còn ở cách doanh nghiệp tổ chức hệ thống kế toán và chứng từ để chứng minh tính hợp lệ của khoản thuế đề nghị hoàn.

Phân tách chi phí dự án và hoạt động thường xuyên

Một trong những lỗi phổ biến nhất khi doanh nghiệp kê khai hoàn thuế là gộp chi phí đầu vào của dự án với chi phí vận hành thường xuyên. Điều này khiến cơ quan thuế có cơ sở từ chối hồ sơ do không xác định được mối liên hệ trực tiếp giữa chi phí phát sinh và hoạt động đầu tư.

Để hạn chế rủi ro này, doanh nghiệp cần thiết lập cơ chế theo dõi riêng cho từng dự án ngay trong hệ thống kế toán, bao gồm việc xây dựng mã dự án độc lập để tập hợp hóa đơn, chứng từ đầu vào phục vụ đầu tư, đồng thời bảo đảm các chứng từ liên quan đến dự án được tách biệt rõ ràng với chi phí phát sinh từ hoạt động sản xuất - kinh doanh thường xuyên.

Trình bày hồ sơ hoàn thuế rõ ràng

Cục Thuế yêu cầu doanh nghiệp lập tờ khai GTGT riêng (tờ khai 02/GTGT) cho từng dự án đầu tư, tách biệt với tờ khai GTGT tổng thể của doanh nghiệp. Điều này giúp cơ quan quản lý thuế đánh giá chính xác hơn phần thuế đầu vào có thể được hoàn thuế.

Những rủi ro cần lưu ý

Không phải mọi dự án đầu tư đều được hoàn thuế ngay tại thời điểm nộp hồ sơ. Theo quy định tại Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trong một số trường hợp cơ quan thuế có thể chưa thực hiện hoàn thuế mà chỉ cho phép doanh nghiệp chuyển số thuế GTGT còn lại sang kỳ tiếp theo.

Tình huống này thường xảy ra khi vốn góp điều lệ thực tế chưa được góp đủ theo đăng ký tại thời điểm đề nghị hoàn thuế, hoặc khi dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện nhưng doanh nghiệp chưa đáp ứng đầy đủ các điều kiện đầu tư theo quy định pháp luật chuyên ngành.

Điều đó cho thấy, việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý của dự án và bảo đảm tuân thủ các điều kiện đầu tư không chỉ là yêu cầu về mặt thủ tục, mà còn là yếu tố quyết định khả năng được hoàn thuế GTGT đúng thời điểm, qua đó ảnh hưởng trực tiếp đến kế hoạch dòng tiền của doanh nghiệp.

Chiến lược quản trị thuế trong đầu tư dài hạn

Hoàn thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP không chỉ dừng ở yêu cầu tuân thủ pháp luật thuế, mà còn có thể được xem như một công cụ tài chính mang tính chiến lược đối với các doanh nghiệp triển khai dự án đầu tư dài hạn.

Khi áp dụng đúng điều kiện và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, cơ chế hoàn thuế giúp cải thiện hiệu quả sử dụng dòng tiền đầu tư, giảm áp lực tài chính trong giai đoạn chuẩn bị đưa dự án vào sản xuất - kinh doanh, đồng thời góp phần hoàn thiện hệ thống quản trị thuế theo hướng minh bạch và chuyên nghiệp hơn trong quan hệ với cơ quan quản lý thuế.

Đối với các doanh nghiệp đang triển khai dự án hoặc chuẩn bị khởi động dự án sau ngày 01/7/2025, việc nắm rõ quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đặc biệt là nội dung về hoàn thuế GTGT tại Điều 30, là một bước nền tảng trong việc xây dựng chiến lược tài chính dài hạn gắn với quản trị rủi ro thuế.