Kết luận chỉ rõ, theo quyết định phê duyệt Quy hoạch hệ thống Cảng biển Việt Nam đến năm 2020 định hướng đến 2030, Quy Nhơn là cảng đầu mối khu vực, cảng tổng hợp quốc gia, là cảng chính trong hệ thống cảng biển Việt Nam.
Ngày 4/2/2013, Thủ tướng đã ban hành quyết định phê duyệt Đề án tái cơ cấu Tổng công ty Hàng hải Việt Nam giai đoạn 2012-2015, trong đó cổ phần hóa Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn, Nhà nước nắm giữ 75% vốn điều lệ. Thời điểm đó, Công ty Cảng Quy Nhơn cổ phần hóa và có vốn điều lệ 404 tỷ đồng, trong đó Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) nắm giữ hơn 303 tỷ đồng, chiếm 75%.
Tuy nhiên sau hai năm, được sự đồng ý của Chính phủ và Bộ Giao thông, Vinalines đã chuyển nhượng hết 75% vốn điều lệ tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn cho nhà đầu tư trong nước là Công ty CP Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành.
Đoàn thanh tra đã phát hiện trong quá trình cổ phần hoá cảng Quy Nhơn, nhiều đơn vị đã mắc phải vi phạm nghiêm trọng. Trong đó, UBND tỉnh Bình Định đã đề nghị Bộ Giao thông và Thủ tướng cho cổ phần hóa cảng Quy Nhơn theo hướng Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ, sau đó, tỉnh có văn bản tiếp tục đề nghị bán hết 49% vốn nhà nước tại cảng Quy Nhơn. Việc làm này bị kết luận là "không đúng với đề án tái cơ cấu Vinalines".
Kết luận cũng chỉ rõ sai phạm của tỉnh Bình Định là “tham gia đề xuất cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại doanh nghiệp không thuộc đối tượng quản lý của mình là không đúng chức năng, nhiệm vụ".
Nhiều sai phạm của Bộ Giao thông trong quá trình cổ phần hóa
Kết luận thanh tra nêu rõ quá trình cổ phần hóa nhiều sai phạm tại Cảng Quy Nhơn có trách nhiệm lớn thuộc về Bộ Giao thông vận tải.
Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, Bộ Giao thông đã đề nghị Thủ tướng cho phép Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ tại cảng Quy Nhơn, song sau đó Bộ lại tiếp tục đề nghị Thủ tướng cho phép Vinalines chuyển nhượng hết 49% vốn điều lệ, là không đúng với đề án tái cơ cấu doanh nghiệp.
Trước khi Vinalines chuyển nhượng hết vốn nhà nước tại cảng Quy Nhơn, Văn phòng Chính phủ đã đề nghị Bộ Giao thông bổ sung, giải trình những nội dung mà Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch Đầu tư đã đặt ra về kinh tế, an ninh, quốc phòng, song Bộ Giao thông không xem xét, đánh giá toàn diện các nội dung này.
Ngoài ra, công ty mẹ của cảng Quy Nhơn là Vinalines có kiến nghị Bộ Giao thông không bán hết cổ phần nhà nước tại cảng, song Bộ Giao thông vẫn có văn bản đề nghị Thủ tướng cho bán hết phần vốn nhà nước tại cảng Quy Nhơn là thiếu căn cứ về pháp lý và thực tiễn.
Bộ Giao thông đã chỉ đạo Vinalines về phương thức chuyển nhượng vốn nhà nước tại cảng Quy Nhơn không rõ ràng, thiếu nhất quán. Ban đầu, Bộ chỉ đạo đấu giá qua Sở Giao dịch chứng khoán, nhưng sau đó lại chỉ đạo bán theo phương thức thỏa thuận trực tiếp, trái thẩm quyền.
Việc thẩm định giá cổ phần để thoái vốn nhà nước tại cảng Quy Nhơn có một số khuyết điểm, vi phạm thuộc về các công ty tư vấn (ATC, CPA), ngoài ra còn có trách nhiệm của Vinalines, Ban chỉ đạo cổ phần hóa trong việc thẩm định, phê duyệt giá trị doanh nghiệp...
Kiến nghị thu hồi 75,01% cổ phần Cảng Quy Nhơn đã chuyển nhượng cho công ty Hợp Thành
Từ những vi phạm được chỉ ra trong kết luận, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng yêu cầu Bộ Giao thông kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân, tập thể liên quan đến các khuyết điểm trong quá trình cổ phần hóa.
Về xử lý về kinh tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải xem xét, hủy bỏ 2 văn bản (số 16937/BGTVT-QLDN ngày 27/12/2014 và số 6327/BGTVT-QLDN ngày 20/5/2015) vì có nội dung trái thẩm quyền, vi phạm quy định của pháp luật.
Trong đó yêu cầu thu hồi 75% cổ phần tại cảng Quy Nhơn đã được Bộ Giao thông cho phép chuyển nhượng cho Công ty Hợp Thành vì quá trình mua cổ phần được thực hiện theo phương thức thỏa thuận trực tiếp trái thẩm quyền, trái quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Bình Định chỉ đạo, tổ chức thực hiện việc đền bù, giải phóng mặt bằng, phục vụ đầu tư nâng cấp, mở rộng Cảng Quy Nhơn, đảm bảo nâng cao năng lực, chất lượng, hiệu quả hoạt động của cảng.
Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn thực hiện đầu tư nâng cấp, mở rộng Cảng Quy Nhơn theo quy hoạch và phương án cổ phần hoá Cảng Quy Nhơn đã được phê duyệt. Thực hiện việc niêm yết cổ phiếu Cảng Quy Nhơn trên sàn giao dịch chứng khoán theo đúng quy định của pháp luật.
Cơ quan thanh tra kiến nghị giao Bộ Tài chính tổ chức thực hiện đánh giá toàn diện hoạt động thẩm định giá, hoàn thiện quy định pháp luật về thẩm định giá; tăng cường thanh tra, kiểm tra việc chấp hành quy định pháp luật trong thẩm định giá; chấn chỉnh hoạt động của các tổ chức, cá nhân hành nghề thẩm định giá; công khai những trường hợp vi phạm; kiên quyết thu hồi giấy phép hành nghề, xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật đối với hành vi thông đồng, trục lợi, làm thất thoát tài sản nhà nước.
