Nguyên tắc xử lý thuế thu nhập cá nhân đã phân bổ cho các tỉnh, thành sau quyết toán năm

Đối với doanh nghiệp hoạt động tại nhiều tỉnh, mỗi tháng/quý đều thực hiện khấu trừ và phân bổ số thuế TNCN theo nơi người lao động làm việc. Trên thực tế, số liệu này có thể chênh lệch khi tổng hợp vào quyết toán cuối năm, do phát sinh điều chỉnh thu nhập, bổ sung hồ sơ, hoặc sai sót trong kê khai ban đầu.

Với những doanh nghiệp kiểu này, chênh lệch số thuế TNCN giữa kỳ phân bổ tháng/quý và quyết toán năm đã đặt ra câu hỏi liệu có được xác định lại số thuế đã phân bổ cho các địa phương, qua đó phản ánh bài toán quản lý thuế phức tạp gắn với lao động liên tỉnh và nguồn thu ngân sách địa phương

Đơn cử, Công ty TNHH Doosan Enerbility Việt Nam (hoạt động tại nhiều tỉnh) báo cáo quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) năm 2025, cơ quan thuế địa phương ở Quảng Ngãi đã đặt câu hỏi: Liệu số thuế TNCN đã phân bổ cho các tỉnh theo tháng/quý có được xác định lại sau khi quyết toán hay không?

Câu hỏi tưởng chừng đơn giản nhưng phản ánh bài toán phức tạp về quản lý thuế trong bối cảnh doanh nghiệp hoạt động đa điểm, người lao động luân chuyển liên tỉnh và phân bổ ngân sách thuế địa phương.

Không xác định lại thuế TNCN đã phân bổ sau quyết toán

Phản hồi câu hỏi của cơ quan thuế tỉnh Quảng Ngãi, Cục Thuế khẳng định trong Công văn 6043/CT-CS: Không tiến hành xác định lại số thuế TNCN đã phân bổ cho các tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính sau khi quyết toán thuế TNCN.

Quy định pháp luật hiện hành đã đặt ra nguyên tắc phân bổ ngay tại thời điểm khấu trừ theo tháng/quý và không thay đổi khi quyết toán. Trong trong Công văn 6043/CT-CS, Cục Thuế dẫn chiếu và làm rõ các quy định sau:

Về khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

Khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 56/2024/QH15) quy định như sau: Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm nếu phát hiện sai sót, với điều kiện chưa có quyết định thanh tra, kiểm tra hoặc nội dung không thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra.

Điểm a khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ nộp Bản giải trình khai bổ sung, không phải nộp tờ khai bổ sung.

Riêng đối với quyết toán thuế TNCN, nếu khai bổ sung quyết toán năm thì đồng thời phải khai bổ sung các tờ khai tháng/quý có sai sót tương ứng.

Về phân bổ thuế TNCN theo địa phương:

Căn cứ theo Khoản 2, khoản 3 Điều 19 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định:

Thuế TNCN từ tiền lương, tiền công được phân bổ theo số thuế thực tế đã khấu trừ của từng cá nhân tại từng tỉnh nơi người lao động làm việc.

Trường hợp người lao động điều chuyển, luân chuyển, biệt phái thì căn cứ thời điểm trả thu nhập để xác định tỉnh hưởng nguồn thu.

Số thuế TNCN đã phân bổ theo tháng hoặc quý sẽ không xác định lại khi quyết toán thuế TNCN năm.

Định vị pháp lý giúp doanh nghiệp và cơ quan thuế thống nhất

Công văn 6043/CT-CS không chỉ là một lời hồi đáp cho cơ quan thuế tỉnh Quảng Ngãi, mà còn là chỉ dẫn thực tiễn quan trọng giúp doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương đồng nhất trong cách xử lý số liệu thuế TNCN.

Nguyên tắc phân bổ cố định theo kỳ khai: theo quy định, doanh nghiệp phân bổ số thuế TNCN theo tháng hoặc quý dựa trên số thuế thu nhập thực tế đã khấu trừ đối với từng cá nhân tại từng tỉnh. Phương pháp này tuân thủ tính trung thực và xác định ngay tại thời điểm phát sinh nghiệp vụ, nhằm đảm bảo nguồn thu ngân sách địa phương được phản ánh đúng với thực tế lao động.

Quyết toán thuế không thay đổi con số phân bổ: Công văn 6043/CT-CS xác nhận rằng quyết toán cuối năm không phải thời điểm để điều chỉnh số thuế TNCN đã phân bổ cho các tỉnh. Đây là khác biệt mang tính nguyên tắc so với một số loại thuế khác, nơi các điều chỉnh sau quyết toán có thể ảnh hưởng tổng số thuế phải nộp.

Sai sót thuế và khai bổ sung: Trường hợp doanh nghiệp phát hiện sai sót trong hồ sơ khai thuế (ví dụ bảng phân bổ theo tháng/ quý bị lỗi), doanh nghiệp được quyền khai bổ sung hồ sơ theo Điều 47 Luật Quản lý Thuế trước khi có quyết định thanh tra hoặc nếu nội dung sai sót không thuộc phạm vi thanh tra, trong 10 năm kể từ khi hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.

Ảnh hưởng đối với quản trị doanh nghiệp và ngân sách địa phương

Với doanh nghiệp, quy định này buộc doanh nghiệp phải đảm bảo chính xác ngay từ giai đoạn khấu trừ và kê khai định kỳ, vì quyết toán năm không phải lúc để “chốt” hay điều chỉnh số thuế đã phân bổ cho các tỉnh. Điều này nâng cao yêu cầu về hệ thống kế toán, dữ liệu và kiểm soát nội bộ, nhất là với doanh nghiệp đa tỉnh có lực lượng lao động di động. Việc ứng dụng hệ thống quản lý thuế tập trung như TMS được xác nhận là đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ phân bổ và kê khai.

Với cơ quan thuế địa phương, quy định loại trừ việc xác định lại sau quyết toán tạo ra sự ổn định trong việc dự báo và ghi nhận nguồn thu TNCN địa phương. Ngân sách tỉnh dựa vào số liệu phân bổ theo tháng/quý sẽ không bị xáo trộn sau quyết toán, giúp các dự báo tài chính công địa phương trở nên chính xác và ổn định hơn.

Công văn 6043/CT-CS của Cục Thuế ngày 17/12/2025 một lần nữa nhấn mạnh nguyên tắc không xác định lại số thuế TNCN đã phân bổ cho các tỉnh sau khi quyết toán thuế, buộc doanh nghiệp tuân thủ chặt chẽ quy trình phân bổ ngay từ khi kê khai thuế theo tháng/quý.

Điều này phù hợp với tinh thần của Luật quản lý Thuế và hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, đồng thời góp phần củng cố trật tự tài chính quốc gia, giảm rủi ro tranh chấp giữa các địa phương về nguồn thu thuế.