Theo nhiều chuyên gia, đặc khu kinh tế không chỉ là những ưu đãi về kinh tế mà còn là sự đặc biệt về thể chế hành chính. Nếu không có được cả hai yếu tố này, đặc khu sẽ khó có thể đảm bảo được sự hấp dẫn của mình.
Theo Ủy ban Pháp luật Quốc hội, cần quy định rõ địa vị pháp lý, thẩm quyền, quy trình xử lý công việc trong các đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt khi giao thẩm quyền vượt trội cho các Trưởng đặc khu.
Trên cơ sở tiếp thu ý kiến của các đại biểu Quốc hội, các chuyên gia về việc tổ chức chính quyền tại đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt, Uỷ ban Pháp luật Quốc hội đã đề xuất một phương án mới tổ chức bộ máy chính quyền tại đặc khu kinh tế.
Đặc khu không chỉ cần đặc biệt về cơ chế kinh tế mà còn phải là sự đột phá thực sự về thể chế hành chính.