[Hỏi đáp] Chi phí phần mềm hóa đơn điện tử, chữ ký số có được khấu trừ thuế không?

Chi phí không được khấu trừ

Theo quy định hiện hành tại Thông tư 40/2021/TT-BTC, phương pháp tính thuế đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh là phương pháp trực tiếp trên doanh thu.

Cụ thể, số thuế phải nộp được tính theo công thức:

Số thuế phải nộp = Doanh thu tính thuế x Tỷ lệ % (theo ngành nghề)

Về ngưỡng chịu thuế: Hộ kinh doanh có doanh thu trên 100 triệu đồng/năm (đối với quy định cũ) hoặc trên 200 triệu đồng/năm (theo Luật Thuế GTGT 2025 sắp áp dụng, đang được đề xuất lên ngưỡng cao hơn) sẽ phát sinh nghĩa vụ thuế.

Do tính thuế trực tiếp trên doanh thu bán hàng, nên cơ quan thuế không xem xét đến các khoản chi phí đầu vào.

Vì vậy, mọi khoản chi phí vận hành, bao gồm cả chi phí tuân thủ pháp luật như: mua phần mềm kế toán, phần mềm hóa đơn điện tử (HĐĐT), phí duy trì chữ ký số (Token)... đều không được khấu trừ.

Đề xuất cho phép tính thuế trên lợi nhuận thực tế

Nhận thấy bất cập trên, đặc biệt đối với các ngành hàng có biên lợi nhuận thấp (như đại lý phân phối, tạp hóa, bán thẻ cào...), Bộ Tài chính đang xây dựng các đề xuất sửa đổi Luật Thuế Thu nhập cá nhân và các sắc thuế liên quan theo hướng hiện đại hơn.

Điểm nhấn của đề xuất mới là bổ sung phương pháp tính thuế dựa trên lợi nhuận (Doanh thu - Chi phí). Cơ sở của đề xuất này nằm ở việc:

Khi hộ kinh doanh áp dụng đầy đủ sổ sách kế toán và xuất hóa đơn điện tử, cơ quan thuế hoàn toàn có dữ liệu để kiểm soát cả đầu ra lẫn đầu vào.

Việc xác định lợi nhuận ròng trở nên khả thi và minh bạch hơn, thay vì phải áp một mức tỷ lệ % khoán cứng nhắc ("cào bằng" lãi cao cũng như lãi thấp).