Hệ thống thuế TP.HCM dưới áp lực chuyển đổi: Những bất cập bộc lộ từ thực tiễn doanh nghiệp

Như thường lệ, hội nghị đối thoại doanh nghiệp và chính quyền TP.HCM tiếp tục duy trì được độ "nóng", khi mọi băn khoăn, vướng mắc của cộng đồng doanh nghiệp được các cơ quan, ban ngành thành phố giải đáp trực tiếp ngay tại hội trường. Tại lần đối thoại thứ 269 này, hơn 50 câu hỏi đã được 23 doanh nghiệp gửi tới lãnh đạo Thuế TP.HCM, tập trung vào những vấn đề then chốt như hoàn thuế, kiểm soát hóa đơn và các thủ tục hành chính liên quan.

Nhưng cũng từ đây, các vướng mắc của doanh nghiệp, từ giải đáp chính sách, cảnh báo rủi ro, hoàn thuế đến kiểm soát hóa đơn đã phác họa bức tranh “nhiều chuyển động nhưng chưa đồng bộ” để tìm tiếng nói chung giữa cơ quan thuế và hơn nửa triệu doanh nghiệp trên địa bàn.

Nhiều 'điểm nghẽn' từ thực tiễn của doanh nghiệp

Đại diện Công ty TNHH AGEST Việt Nam bày tỏ băn khoăn về vấn đề thời gian phản hồi công văn từ cơ quan thuế thường kéo dài (5-6 tháng) và thiếu mã theo dõi rõ ràng, dẫn đến việc doanh nghiệp phải gửi đi gửi lại hồ sơ nhiều lần, gây lãng phí thời gian cho cả hai phía. Doanh nghiệp này tha thiết đề nghị cơ quan thuế xây dựng cơ chế hỗ trợ kịp thời và minh bạch hơn.

Liên quan đến phản ánh này, ông Giang Văn Hiển, Phó trưởng Thuế TP.HCM cho hay, cơ quan này đã chuyển đổi sang mô hình phân công cán bộ chuyên trách theo từng doanh nghiệp. Ông khuyến nghị khi gửi câu hỏi, doanh nghiệp nên chủ động liên hệ trực tiếp với cán bộ hoặc phòng quản lý phụ trách. Phương pháp mới này sẽ giúp theo dõi và giải đáp nhanh chóng hơn, tránh tình trạng văn bản bị luân chuyển giữa nhiều bộ phận.

Cơ quan thuế cũng cho biết đã thông báo danh sách cán bộ phụ trách đến từng người nộp thuế để thuận tiện trong việc phối hợp.

Việc doanh nghiệp chủ động liên hệ cán bộ phụ trách được xem là giải pháp giảm tình trạng “văn bản đi lòng vòng”. Tuy nhiên, sự phụ thuộc quá lớn vào cán bộ quản lý cũng đặt ra yêu cầu nâng cao năng lực, trách nhiệm và nhất quán trong xử lý.

Bà Vũ Thị Thu Thủy, Phó giám đốc khối tài chính - kế toán, Công ty CP Daikin Air Conditioning Việt Nam, lại phản ánh về hệ số K trong hệ thống cảnh báo rủi ro của cơ quan thuế, khi hệ thống tự động so sánh giá trị đầu ra - đầu vào và gửi cảnh báo rộng rãi. Điều này gây khó khăn cho các doanh nghiệp làm dịch vụ hoặc có độ trễ đầu vào.

Đại diện này dẫn ví dụ về trường hợp, chi nhánh phụ thuộc của Daikin phải xuất hóa đơn sau 5-10 ngày, khiến đầu vào chậm hơn đầu ra và bị hệ thống cảnh báo.

"Hệ thống cảnh báo dựa trên hệ số K đang 'báo động giả' với các mô hình kinh doanh có độ trễ đầu vào. Trong khi mục tiêu của hệ số K là ngăn chặn bán hóa đơn khống, việc cảnh báo tự động theo tháng khiến nhiều giao dịch hợp lệ bị gắn cờ rủi ro, làm doanh nghiệp phải giải trình liên tục", đại diện Daikin Air Conditioning Việt Nam nói.

Ông Bùi Quan Trọng, Trưởng phòng Quản lý hỗ trợ doanh nghiệp số 1, cho biết, về nguyên tắc, nếu hóa đơn đầy đủ và có chứng từ thanh toán hợp lệ thì doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế đầu vào theo quy định chung, chứ không phải riêng cho từng đơn vị.

Về hệ số K, ông Trọng lý giải, hệ thống cảnh báo được xây dựng nhằm ngăn chặn xuất hóa đơn khống. Hệ thống tự động kiểm soát tổng giá trị hàng hóa bán ra so với tổng giá trị hàng tồn kho và hàng mua vào theo tham số K.

"Nếu doanh nghiệp nhận cảnh báo, cần chủ động liên hệ cơ quan thuế để được xử lý kịp thời, tránh ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh", ông nói.

Song, một trong những nỗi lo lớn nhất của các doanh nghiệp là rơi vào giao dịch với đối tác sau này bị kết luận “bán hóa đơn” dù giao dịch là có thật. Doanh nghiệp mua trở thành bên bị truy thu và phạt dù không chủ ý vi phạm. Đại diện công ty I.P.L (hoạt động trong lĩnh vực công nghệ thông tin) bày tỏ mối lo ngại về rủi ro hóa đơn: Dù đã kiểm tra kỹ thông tin đối tác cho các giao dịch nhỏ, nhưng vài năm sau cơ quan thuế lại kết luận bên bán không còn hoạt động hoặc có dấu hiệu mua bán hóa đơn.

Hậu quả là doanh nghiệp mua bị truy thu và xử phạt dù hoàn toàn không có ý định vi phạm. Từ đó, phía đại diện I.P.L đặt câu hỏi: Làm thế nào để doanh nghiệp làm ăn chân chính không trở thành "nạn nhân" của doanh nghiệp ma?

Ông Trần Minh Quốc, Trưởng phòng Quản lý hỗ trợ doanh nghiệp số 5, Thuế TP.HCM, cho rằng yếu tố then chốt là doanh nghiệp phải tự xác định nhà cung cấp có thực sự cung cấp hàng hóa, dịch vụ hay không, đồng thời tích cực kiểm tra tình trạng pháp lý và việc sử dụng hóa đơn của đối tác.

Cụ thể, phía cơ quan thuế khuyến nghị doanh nghiệp chủ động “tự vệ”: tra cứu hóa đơn trên hoadondientu.gdt.gov.vn, kiểm tra pháp lý doanh nghiệp trên gdt.gov.vn, đánh giá thực tế kinh doanh của đối tác.

Tuy nhiên, điều này đặt nhiều trách nhiệm lên người mua - trong khi nguồn rủi ro lại đến từ bên bán và từ lỗ hổng quản lý tiền kiểm. Đặc biệt, sự gia tăng của “doanh nghiệp ma” cho thấy khoảng trống trong việc sàng lọc đăng ký kinh doanh, khi nhiều đơn vị được lập ra chỉ để mua bán hóa đơn lợi dụng cơ chế tự khai - tự nộp.

Một số doanh nghiệp khác lại đặt vấn đề xoay quanh câu chuyện hồ sơ hoàn thuế bị giữ lại trong thời gian dài do yêu cầu “xác minh thêm”, đặc biệt với hàng hóa liên quan kho ngoại quan.

Đại diện Công ty CP Dệt may đầu tư Thành Công phản ánh hồ sơ hoàn thuế GTGT bị giữ lại để "xác minh thêm" về hàng hóa xuất vào kho ngoại quan (vốn được áp dụng thuế suất 0%). Doanh nghiệp thắc mắc: Dù đã cung cấp đủ tờ khai và chứng từ, nhưng số thuế tương ứng với doanh thu vẫn bị tạm giữ chờ xác minh, trong khi "Quy định đã rõ hàng vào kho ngoại quan được hưởng thuế suất 0%, chứng từ đã đủ, sao vẫn phải xác minh thêm?".

Giải thích vướng mắc này, cơ quan thuế khẳng định hồ sơ rõ thì hoàn ngay, hồ sơ chưa rõ buộc phải xác minh để đảm bảo tính đúng bản chất. Tuy nhiên, khoảng cách giữa “nguyên tắc” và “thực tiễn” khiến việc hoàn thuế trở thành rủi ro tài chính lớn, ảnh hưởng dòng tiền của doanh nghiệp xuất khẩu.

Bài toán cân bằng giữa kỷ cương và hỗ trợ

Hiện nay, Thuế TP.HCM đang quản lý hơn 500.000 doanh nghiệp, trong đó khu vực kinh tế tư nhân chiếm 96%, đóng góp 65% GRDP và gần 60% tổng thu ngân sách nhà nước của TP.HCM. Dù đối mặt nhiều thách thức, cộng đồng doanh nghiệp vẫn duy trì đà tăng trưởng về số lượng, chất lượng, vốn đầu tư, doanh thu và mức nộp ngân sách năm sau cao hơn năm trước.

Trong bối cảnh kinh tế biến động, Thuế TP.HCM đã triển khai nhiều chính sách hỗ trợ như miễn, giảm, gia hạn. Tuy nhiên, do quy mô quản lý lớn khiến công tác giám sát, đối thoại và giải quyết vướng mắc gặp nhiều thách thức. Đặc biệt, việc áp dụng công nghệ như hóa đơn điện tử, hệ số K, phân tích dữ liệu lớn... đã giúp tăng hiệu quả quản lý, nhưng cũng đặt ra yêu cầu tinh chỉnh thuật toán, cá thể hóa theo mô hình kinh doanh và nâng cấp năng lực cán bộ.

Từ các trao đổi trực tiếp tại hội nghị đối thoại doanh nghiệp và chính quyền TP.HCM lần này, có thể rút ra ba điểm cốt lõi.

Thứ nhất, hệ thống thuế đang thay đổi mạnh theo hướng số hóa và quản trị rủi ro. Tuy nhiên, còn tồn tại bất cập trong cảnh báo và xác minh.

Thứ hai, về phía bàn thân các doanh nghiệp cũng cần chủ động hơn trong quản trị rủi ro thuế. Đặc biệt, công tác tra cứu hóa đơn, xác minh nhà cung cấp, kiểm soát quy trình chứng từ là “lá chắn” cần thiết trong bối cảnh gia tăng gian lận hóa đơn ngày càng nhiều.

Cuối cùng, phía cơ quan thuế cần đẩy nhanh cải cách bằng nhiều giải pháp như giảm thời gian phản hồi, hoàn thiện công cụ cảnh báo, nâng cao chất lượng cán bộ và đảm bảo các quy trình nhất quán ở cấp thực thi.