Theo Kiểm toán nhà nước, giai đoạn 2016-2020, Bộ Công thương phê duyệt bổ sung, điều chỉnh quy hoạch thủy điện nhỏ trên phạm vi cả nước chưa căn cứ trên quy hoạch phát triển nguồn điện và cơ cấu nguồn điện đã được Thủ tướng phê duyệt tại Quyết định 428/QĐ-TTg ngày 18/3/2016.
Bộ Công thương thẩm định, phê duyệt bổ sung quy hoạch một số dự án thủy điện nhỏ không lấy ý kiến của Bộ Tài nguyên và môi trường, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn; còn chưa đảm bảo độ tin cậy về thông tin, số liệu và cơ sở để đánh giá về sự phù hợp của đề xuất quy hoạch thủy điện với quy hoạch liên quan khác.
Liên quan tới vấn đề chính sách, Kiểm toán nhà nước cho biết, Luật Điện lực hợp nhất quy định về cơ chế độc quyền trong lĩnh vực hoạt động truyền tải không còn phù hợp với quan điểm chỉ đạo của Bộ Chính trị tại Nghị quyết 55 ngày 11/2/2020.
Đồng thời, Nghị quyết 110/NQ-CP ngày 2/12/1019 của Chính phủ chỉ tích hợp Quy hoạch thủy điện nhỏ toàn quốc, trong khi Bộ Công thương đã phê duyệt bổ sung các dự án thủy điện nhỏ tại nhiều quyết định riêng rẽ.
Bên cạnh đó, các Thông tư 43 (tháng 12/2012) và tháng 12/2013 của Bộ Công thương đã không còn phù hợp do một số văn bản làm căn cứ pháp lý đã thay đổi.
Quy định tại Nghị định 201/2013/NĐ-CP có sự chồng chéo thẩm quyền trong quản lý, phê duyệt dòng chảy tối thiểu đối với hạ lưu, hồ chứa các dự án thủy điện nhỏ sử dụng nguồn nước nội tỉnh giữa Bộ Tài nguyên và môi trường và UBND cấp tỉnh.
Cũng theo cơ quan kiểm toán, quy định về dòng chảy tối thiểu (tại Thông tư 64/TT-BTNMT) chưa đáp ứng yêu cầu tại Luật Tài nguyên nước. Có sự chồng chéo về thẩm quyền giữa Thủ tướng và HĐND cấp tỉnh đối với việc quyết định chủ trương chuyển mục đích sử dụng rừng đặc dụng và đất rừng đặc dụng dưới 20ha giữa quy định tại Luật Lâm nghiệp và Luật Đất đai 2013.
Về vấn đề chuyển đổi mục đích đất rừng, các tỉnh Hà Giang, Điện Biên, Sơn La, Lai Châu, Lào Cai vẫn còn hiện tượng chuyển đổi đất rừng tự nhiên, chuyển đổi rừng tự nhiên hiện có sang mục đích sử dụng khác.
Một số dự án thủy điện đưa vào vận hành khai thác chưa hoàn thành việc trồng rừng thay thế, chưa nộp đầy đủ tiền trồng rừng thay thế theo phương án được cấp thẩm quyền phê duyệt.
Kiểm toán nhà nước kiến nghị Thủ tướng một số nội dung: chỉ đạo Bộ Công thương kịp thời chấn chỉnh đối với những tồn tại liên quan. Đồng thời rà soát, tham mưu cho Chính phủ bổ sung Nghị quyết 110 ngày 2/12/1019 về ban hành danh mục các quy hoạch được tích hợp vào quy hoạch cấp quốc gia, quy hoạch vùng, quy hoạch tỉnh đối với các dự án thủy điện nhỏ đã được Bộ Công thương phê duyệt bổ sung vượt công suất được Thủ tướng phê duyệt tại Quy hoạch phát triển điện lực quốc gia ban hành kèm theo Quyết định 428/QĐ-TTg ngày 18/3/2016.
Cơ quan kiểm toán cũng kiến nghị Bộ Công thương phối hợp UBND các tỉnh Sơn La, Yên Bái xử lý dứt điểm tình trạng trùng vị trí quy hoạch, xây dựng giữa dự án thủy điện Nậm Trai 3 và dự án thủy điện Phin Hồ, tránh tình trạng khiếu kiện kéo dài của nhà đầu tư.
Theo Báo cáo hiện trạng môi trường quốc gia giai đoạn 2016-2020, việc ưu tiên huy động nguồn thủy điện dẫn đến việc phát triển một số công trình thủy điện nhỏ, không chú ý đến tác động về kinh tế - xã hội và môi trường, đã gây tác động tiêu cực ở một số nơi như: giảm diện tích rừng tự nhiên, rừng phòng hộ đầu nguồn và suy giảm đa dạng sinh học.
Bên cạnh đó, việc xả nước không thường xuyên, không đảm bảo dòng chảy tối thiểu cho khu vực hạ lưu đã khiến cho các hệ sinh thái nước và ven sông ở khu vực sau đập thủy điện bị suy giảm đồng thời ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất nông nghiệp khu vực hạ lưu do thiếu nguồn nước, đặc biệt vào mùa kiệt... gây nguy cơ khô hạn và sa mạc hóa ở hạ lưu, gia tăng xói mòn, sạt lở bờ sông và xâm nhập mặn...
Tại nhiều dự án thủy điện, chủ đầu tư chậm trồng rừng bù lại diện tích rừng mất đi do xây dựng thủy điện, dẫn đến thiên tai trong vùng ngày một khốc liệt, đe dọa an sinh xã hội.
