Quy định mới về hóa đơn điện tử siết chặt rủi ro thuế của doanh nghiệp

Sau hơn hai năm triển khai diện rộng, hóa đơn điện tử đã trở thành một phần không thể tách rời trong hoạt động vận hành của doanh nghiệp. Việc số hóa hóa đơn không chỉ giúp nâng cao tính minh bạch, giảm chi phí và tăng hiệu quả quản lý, mà còn đặt doanh nghiệp vào một môi trường tuân thủ chặt chẽ hơn bao giờ hết.

Trong bối cảnh đó, Nghị định 310/CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hóa đơn, dự kiến có hiệu lực từ ngày 16/1/2026, đang thu hút sự quan tâm lớn từ cộng đồng doanh nghiệp. Các quy định mới cho thấy xu hướng rõ ràng: chuyển từ xử phạt theo hành vi sang xử phạt dựa trên quy mô và mức độ vi phạm trong môi trường số.

Từ “phạt theo lỗi” sang “phạt theo số lượng giao dịch”

Theo quy định hiện hành, một doanh nghiệp hoặc cửa hàng nếu không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, dù vi phạm diễn ra trên quy mô lớn, vẫn chủ yếu bị xử phạt theo một hành vi vi phạm hành chính, với mức phạt tối đa phổ biến từ 20 triệu đồng. Trong thực tế, điều này từng tạo ra tâm lý chủ quan, thậm chí “nhờn luật” ở một bộ phận doanh nghiệp, đặc biệt trong các ngành có nhiều giao dịch nhỏ lẻ.

Chẳng hạn, một cửa hàng bán lẻ phát sinh 1.000 đơn hàng nhưng không xuất hóa đơn. Khi bị kiểm tra, hành vi này có thể chỉ bị xử phạt ở khung cao nhất cho lỗi “không lập hóa đơn”, trong khi số thuế phát sinh từ các giao dịch không xuất hóa đơn có thể lớn hơn nhiều so với mức phạt.

Tuy nhiên, từ ngày 16/1/2026, cách tiếp cận này thay đổi đáng kể. Vẫn cửa hàng đó, nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp bỏ sót không lập hóa đơn cho từ 50 giao dịch trở lên – một con số không lớn với bán lẻ, F&B hay thương mại điện tử – mức phạt có thể bị đẩy lên khung 60–80 triệu đồng. Khi số lượng giao dịch vi phạm tăng, chi phí pháp lý và rủi ro tài chính sẽ tăng theo cấp số nhân.

Sự thay đổi này tác động trực diện vào các mô hình kinh doanh có tần suất giao dịch cao, nơi rủi ro không nằm ở từng giao dịch riêng lẻ, mà ở tính hệ thống của quy trình.

Những điểm nóng mới trong vận hành hóa đơn điện tử

Không chỉ hành vi không lập hóa đơn, quy định mới còn làm rõ và siết chặt các lỗi liên quan đến thời điểm lập hóa đơn. Trước đây, việc lập hóa đơn chậm so với thời điểm hoàn thành giao dịch thường được coi là lỗi thủ tục, mức phạt không lớn và ít được chú ý.

Trong bối cảnh mới, cùng một hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm, nếu xảy ra lặp lại trên hàng chục hoặc hàng trăm giao dịch, sẽ bị đánh giá hoàn toàn khác. Đối với các doanh nghiệp bán lẻ đa kênh, thương mại điện tử hoặc logistics, nơi thời điểm giao hàng, nghiệm thu và ghi nhận doanh thu không trùng nhau, đây là rủi ro mang tính cấu trúc.

Tương tự, các giao dịch khuyến mại, biếu tặng, tiêu dùng nội bộ – vốn trước đây thường được xử lý linh hoạt – đang dần trở thành khu vực rủi ro. Khi cơ quan thuế có thể đối chiếu dữ liệu tồn kho, bán hàng và hóa đơn theo thời gian thực, việc “bỏ sót” hóa đơn cho các giao dịch này không còn là lỗi khó phát hiện.

Rủi ro không nằm ở phần mềm, mà ở cách quản trị dữ liệu

So với giai đoạn trước, khi sai sót có thể được phát hiện và điều chỉnh sau các đợt thanh tra, môi trường quản lý thuế số hiện nay khiến mọi sai lệch để lại dấu vết ngay từ đầu. Trong khi đó, nhiều doanh nghiệp vẫn vận hành hóa đơn điện tử như một khâu độc lập, tách rời khỏi hệ thống bán hàng và ERP.

Trước đây, sự không đồng bộ dữ liệu giữa các hệ thống thường chỉ gây khó khăn cho công tác tổng hợp báo cáo. Nay, chính sự không đồng bộ đó có thể trở thành căn cứ xác định vi phạm hành chính. Khi doanh thu trên hệ thống bán hàng không khớp với số lượng hóa đơn đã phát hành, doanh nghiệp có thể đối mặt với rủi ro bị coi là không lập hóa đơn đầy đủ.

Đáng chú ý, dù quy định mới đã bổ sung chế tài đối với nhà cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử, doanh nghiệp vẫn là chủ thể chịu trách nhiệm cuối cùng. Việc viện dẫn lỗi kỹ thuật hoặc lỗi hệ thống sẽ ngày càng khó được chấp nhận nếu doanh nghiệp không chứng minh được cơ chế kiểm soát nội bộ phù hợp.

Quản trị rủi ro thuế trở thành bài toán cấp lãnh đạo

Sự thay đổi trong cách xử phạt cho thấy quản trị rủi ro thuế không còn là vấn đề nghiệp vụ thuần túy của bộ phận kế toán. Khi một lỗi nhỏ có thể bị nhân lên thành rủi ro lớn do số lượng giao dịch, vai trò của lãnh đạo tài chính và đội ngũ quản trị trở nên rõ nét hơn bao giờ hết.

Nhiều doanh nghiệp đang chuyển từ tư duy “xử lý khi bị kiểm tra” sang tư duy “phòng ngừa trong vận hành”. Hóa đơn điện tử, từ chỗ là công cụ tuân thủ, đang trở thành một phần của hệ thống kiểm soát nội bộ, gắn với quản trị dữ liệu, phân quyền và trách nhiệm.

3 rủi ro lớn doanh nghiệp cần lưu ý trong quản trị hóa đơn điện tử

1. Rủi ro lập hóa đơn không đúng thời điểm

Trong các mô hình kinh doanh có nhiều khâu xác nhận giao dịch, khoảng trễ giữa thời điểm hoàn thành dịch vụ và thời điểm phát hành hóa đơn là nguyên nhân phổ biến dẫn đến vi phạm. Khi lỗi này lặp lại với tần suất cao, doanh nghiệp có thể đối mặt với mức xử phạt đáng kể dù không có chủ ý gian lận.

2. Rủi ro từ dữ liệu không đồng bộ giữa các hệ thống

Việc sử dụng đồng thời nhiều phần mềm bán hàng, ERP, kế toán và hóa đơn điện tử nhưng thiếu cơ chế đối soát tự động dễ tạo ra sai lệch dữ liệu. Trong môi trường quản lý thuế số, những sai lệch này nhanh chóng bị phát hiện và trở thành căn cứ xử phạt.

3. Rủi ro trách nhiệm khi phụ thuộc vào bên thứ ba

Dù sử dụng nhà cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử hay đơn vị dịch vụ kế toán, doanh nghiệp vẫn là chủ thể chịu trách nhiệm cuối cùng trước cơ quan thuế. Việc thiếu kiểm soát, phó mặc cho bên thứ ba có thể khiến CFO đối diện rủi ro pháp lý và chi phí tuân thủ gia tăng.

Doanh nghiệp cần làm gì trước khi các quy định mới có hiệu lực?

Các quy định mới về xử phạt hóa đơn điện tử gửi đi một thông điệp nhất quán: trong môi trường số, vi phạm không còn được đánh giá theo cảm tính, mà bằng dữ liệu và quy mô. Doanh nghiệp càng có nhiều giao dịch, rủi ro càng lớn nếu quy trình không được thiết kế để kiểm soát từ đầu.

Đối với lãnh đạo doanh nghiệp, câu hỏi không còn là đã áp dụng hóa đơn điện tử hay chưa, mà là hệ thống hiện tại có đủ khả năng ngăn chặn sai sót mang tính hệ thống hay không. Việc rà soát quy trình, đánh giá lại mức độ sẵn sàng của hệ thống và đầu tư cho quản trị rủi ro ngay từ bây giờ sẽ giúp doanh nghiệp tránh được những cú sốc pháp lý và chi phí không đáng có khi các quy định mới chính thức có hiệu lực.