Hạ tầng không theo kịp, liên kết vùng còn yếu, ngành công nghiệp phát triển nhanh nhưng chưa bền vững và đồng bộ, yếu tố đổi mới sáng tạo còn chưa cao...là những lý do chính khiến tăng trưởng vùng kinh tế trọng điểm phía Nam nói chung và Đông Nam Bộ nói riêng khó đạt kỳ vọng.