Khi chính sách thuế chưa bắt kịp thực tiễn: Những nghịch lý trong áp dụng thuế GTGT với nông sản

Theo Liên đoàn Thương mại và công nghiệp Việt Nam (VCCI), sau hơn 3 tháng thi hành Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và các văn bản hướng dẫn, nhiều hiệp hội ngành hàng chủ lực như VASEP, cà phê - ca cao, hồ tiêu, chăn nuôi, lương thực - thực phẩm, gỗ và lâm sản… đã phản ánh hàng loạt khó khăn phát sinh, những bất cập trong quy định mới.

Hệ quả của những bất cập này đã làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp.

Hàng loạt bất cập khiến doanh nghiệp mất lợi thế cạnh tranh

Theo quy định, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” thuộc diện chịu thuế GTGT 5%. Tuy nhiên, hầu hết các mặt hàng nông sản như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu… chỉ trải qua các công đoạn sơ chế cơ bản như bóc vỏ, phơi, xát, sấy không làm phát sinh giá trị tăng thêm đáng kể.

Việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng này, theo VCCI, không phản ánh đúng bản chất của loại thuế này, vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong chuỗi sản xuất – kinh doanh.

Đáng chú ý, cơ chế “thu trước - hoàn sau” đang tạo gánh nặng vốn lớn cho doanh nghiệp. Trong khi lợi nhuận biên của ngành nông sản chỉ từ 1 - 3%, doanh nghiệp vẫn phải tạm ứng hàng nghìn tỷ đồng để nộp thuế.

Riêng ngành cà phê phải tạm nộp khoảng 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, còn ngành hồ tiêu ứng trước tới 85 triệu USD, làm giảm sức cạnh tranh của hàng Việt so với sản phẩm từ Brazil, Indonesia hay Ấn Độ - nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.

Chưa kể, theo phản ánh của các doanh nghiệp, thủ tục hoàn thuế GTGT hiện quá phức tạp và kéo dài, nhiều hồ sơ bị từ chối vì những lý do không thuộc trách nhiệm của doanh nghiệp. Một trong những bất cập lớn là quy định doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi bên bán đã kê khai và nộp thuế.

VCCI cho rằng, quy định này chuyển gánh nặng từ cơ quan quản lý sang người nộp thuế, khiến doanh nghiệp bị thiệt dù đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ pháp lý.

Ngoài ra, việc khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ cũng không phù hợp với đặc thù của ngành nông nghiệp, nơi các doanh nghiệp thu mua nguyên liệu tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu rải rác trong nhiều tháng. Cách tính này khiến doanh nghiệp không thể hoàn đủ thuế đầu vào, gây thiếu hụt dòng tiền và ảnh hưởng đến hoạt động thu mua từ nông dân.

Bên cạnh đó, việc áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bột cá, bã bia… tại một số địa phương đang tạo ra sự thiếu thống nhất trong thực thi pháp luật.

"Dù Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế, nhưng cách hiểu khác nhau giữa các cơ quan thuế địa phương đang làm tăng chi phí sản xuất, khiến hàng trong nước yếu thế so với hàng nhập khẩu được miễn thuế", VCCI nêu.

Hiện phần lớn nguyên liệu đầu vào của doanh nghiệp nông nghiệp đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ, những người không có khả năng phát hành hóa đơn VAT. Điều này khiến doanh nghiệp gặp khó khi chứng minh tính hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế, nhất là trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

"Yêu cầu truy xuất nguồn gốc tới từng hộ sản xuất được đánh giá là không khả thi trong thực tế", VCCI nhấn mạnh.

Đối với doanh nghiệp xuất khẩu qua các sàn thương mại điện tử quốc tế như Amazon, Alibaba…, việc hoàn thuế cũng đang bị ách tắc do thiếu các mẫu hợp đồng và chứng từ truyền thống. Pháp luật hiện chưa cho phép sử dụng hóa đơn điện tử hoặc dữ liệu giao dịch số làm căn cứ hoàn thuế, khiến nhiều doanh nghiệp không thể hoàn thuế dù hàng hóa đã xuất khẩu hợp pháp.

Thêm vào đó, một số doanh nghiệp xuất khẩu còn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế do nhà cung cấp gian lận hoặc chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế.

Nhiều trường hợp, dù doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ và có chứng từ hợp pháp, nhưng vẫn bị liên đới trách nhiệm, gây thiệt hại tài chính và ảnh hưởng uy tín quốc tế, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU siết chặt quy định minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).

Không chỉ vậy, mức xử phạt hành chính từ 5 - 8 triệu đồng hiện được áp dụng cho cả những sai sót kỹ thuật nhỏ như sai mã hợp đồng hay chậm kê khai cũng bị cho là quá nặng, tạo áp lực không cần thiết cho doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi.

6 kiến nghị để gỡ khó cho doanh nghiệp

Để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành khẩn trương rà soát, sửa đổi chính sách thuế GTGT theo hướng linh hoạt và phù hợp hơn với đặc thù của lĩnh vực nông nghiệp.

Trước hết, cần xem xét miễn hoặc tạm miễn thuế GTGT đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường, nhằm phản ánh đúng bản chất của thuế giá trị gia tăng.

VCCI đề nghị khôi phục quy định “không phải kê khai, tính thuế” đã được áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP, đồng thời giao Bộ Nông nghiệp và môi trường phối hợp các cơ quan liên quan ban hành danh mục cụ thể về sản phẩm sơ chế thông thường để tránh cách hiểu khác nhau giữa các địa phương.

Thứ hai, cần cải cách mạnh mẽ thủ tục hoàn thuế GTGT, hướng tới số hóa quy trình và hoàn thuế tự động cho hồ sơ hợp lệ, tương tự mô hình đã áp dụng tại Ấn Độ. Hệ thống dữ liệu liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp sẽ giúp tăng tính minh bạch, giảm chi phí và rủi ro.

Thứ ba, cần bãi bỏ điều kiện chỉ được hoàn thuế khi bên bán đã kê khai và nộp thuế, vì đây là yêu cầu bất hợp lý, khiến doanh nghiệp chịu rủi ro thay đối tác. Trách nhiệm quản lý nghĩa vụ thuế phải thuộc về cơ quan thuế nhà nước, không phải người mua.

Thứ tư, cần ban hành hướng dẫn đặc thù cho giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân, cho phép sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn (theo Thông tư 78/2021/TT-BTC) làm căn cứ khấu trừ và hoàn thuế, đồng thời quy định rõ các trường hợp miễn thuế GTGT đối với hộ sản xuất nhỏ.

Thứ năm, trong bối cảnh thương mại điện tử và xuất khẩu qua nền tảng số ngày càng phổ biến, VCCI đề nghị cho phép sử dụng dữ liệu điện tử, chứng từ số và hóa đơn điện tử làm căn cứ xác minh hoàn thuế. Điều này không chỉ tạo thuận lợi cho doanh nghiệp mà còn giúp Việt Nam bắt kịp xu hướng thương mại toàn cầu.

Thứ sáu, cần rà soát lại hệ thống xử phạt hành chính trong lĩnh vực thuế, áp dụng cơ chế khoan hồng đối với vi phạm lần đầu hoặc lỗi kỹ thuật nhỏ, miễn phạt cho các sai sót dưới ngưỡng 50.000 đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện và giảm áp lực cho doanh nghiệp nhỏ.

"Việc điều chỉnh chính sách thuế theo hướng minh bạch, công bằng và phù hợp thực tiễn sẽ giúp khơi thông dòng vốn, giảm chi phí sản xuất và nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp nông nghiệp, qua đó góp phần củng cố chuỗi giá trị nông sản Việt Nam trong giai đoạn hội nhập sâu rộng và chuyển đổi xanh hiện nay", VCCI nhấn mạnh.