Thông qua Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp mới, bỏ ưu đãi với công ty con, liên kết

Quốc hội sáng nay đã chính thức thông qua Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (sửa đổi) với 452/453 đại biểu có mặt tán thành, đạt tỷ lệ 94,56%. Luật mới có hiệu lực từ ngày 1/10/2025.

Đây là bước điều chỉnh pháp lý quan trọng nhằm hoàn thiện chính sách thuế, tăng tính minh bạch và kiểm soát rủi ro trong môi trường kinh doanh hiện đại.

Một trong những vấn đề nổi bật là các khoản tài trợ cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số – lĩnh vực đang được khuyến khích mạnh mẽ nhưng tiềm ẩn nguy cơ bị lợi dụng để trốn thuế, nhất là giữa các bên có quan hệ liên kết.

Theo đó, luật mới vẫn giữ nguyên ưu đãi miễn thuế đối với các khoản tài trợ trong lĩnh vực khoa học – công nghệ để thực hiện Nghị quyết số 57-NQ/TW.

Tuy nhiên, đã có điều chỉnh quan trọng: loại trừ các khoản tài trợ từ doanh nghiệp có quan hệ liên kết với đơn vị nhận tài trợ, nhằm ngăn ngừa hành vi chuyển lợi nhuận, chuyển giá, lách thuế bằng các khoản chi có giá trị lớn, khó kiểm soát.

Về khoản chi được trừ khi tính thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, nhiều đại biểu đề xuất cho phép doanh nghiệp khấu trừ tới 200% chi phí thực tế cho hoạt động nghiên cứu và phát triển.

Tuy nhiên, luật mới chọn hướng mở hơn: chỉ quy định nguyên tắc cho phép chi phí bổ sung được trừ, còn mức cụ thể, điều kiện và phạm vi áp dụng sẽ do Chính phủ quy định. Cách tiếp cận này được đánh giá là linh hoạt, phù hợp với khả năng ngân sách từng giai đoạn.

Một điểm then chốt khác là điều chỉnh về thuế suất ưu đãi. Thuế suất ưu đãi 15-17% được áp dụng với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm tối đa lần lượt 3 tỷ và 50 tỷ đồng. 

Tuy nhiên, luật mới không áp dụng ưu đãi đối với các công ty con hoặc các công ty có quan hệ liên kết mà doanh nghiệp trong quan hệ liên kết không phải là doanh nghiệp đáp ứng điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi.

Đây là biện pháp nhằm ngăn chặn hiện tượng chia tách doanh nghiệp để lách luật, lợi dụng chính sách, đồng thời bảo đảm công bằng giữa các doanh nghiệp vừa và nhỏ thực chất với các doanh nghiệp lớn ‘đội lốt’.

Tiêu chí doanh thu được chọn làm cơ sở xác định điều kiện hưởng ưu đãi, thay vì chỉ dựa trên quy mô doanh nghiệp, giúp phản ánh thực tế vận hành kinh doanh và không mâu thuẫn với Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Luật cũng giữ nguyên các ưu đãi hiện hành theo Nghị quyết số 198/NQ-QH15 dành cho doanh nghiệp khởi nghiệp và công nghệ cao.

Đáng chú ý, dự thảo lần này bổ sung quy định rõ ràng hơn về việc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trong trường hợp doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi cho cùng một khoản thu nhập, họ có quyền chọn mức có lợi nhất.

Tuy nhiên, nếu sau đó bị phát hiện không đáp ứng đủ điều kiện, doanh nghiệp sẽ bị truy thu và xử phạt. Chính phủ sẽ có quy định chi tiết để có căn cứ pháp lý cho thực hiện.

Luật cũng làm rõ rằng các lĩnh vực phát triển xanh như năng lượng tái tạo, năng lượng sạch và xử lý chất thải vốn đã nằm trong danh mục được ưu đãi. Do đó, không cần bổ sung thêm vào Luật lần này.

Các ưu đãi như miễn thuế ba năm cho doanh nghiệp vừa và nhỏ hay hỗ trợ cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo vẫn tiếp tục có hiệu lực theo Nghị quyết 198.

Luật mới quy định doanh nghiệp chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực ưu tiên cho đơn vị cung cấp dịch vụ công tại vùng khó khăn sẽ được giảm 50% thuế thu nhập từ hoạt động này.

Quốc hội cũng ấn định thuế suất thu nhập doanh nghiệp ưu đãi 10% cho các cơ quan báo chí như báo in và báo điện tử…, áp dụng từ 1/10, bằng một nửa mức hiện hành.