Theo đó, trong Công văn số 2000/BTC-TTr của Bộ Tài chính gửi Thủ tướng Chính phủ nêu rõ: "Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, tại Thông báo số 10285/TB-VPCP ngày 29/11/2016 về rà soát việc sử dụng đất các doanh nghiệp cổ phần hóa, trường hợp doanh nghiệp chuyển mục đích sử dụng đất thì thực hiện bán đấu giá quyền sử dụng đất theo quy định Điều 118 Luật đất đai năm 2013".
Bộ Tài chính báo cáo Thủ tướng rằng, quy định pháp luật về quản lý đất đai khi doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa trước đây, đối với diện tích đất thuê trả tiền thuê đất hàng năm, thì không tính tiền thuê đất và giá trị doanh nghiệp, được quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ đối với diện tích đất thuê theo phương thức trả tiền thuê đất hàng năm, thì doanh nghiệp thực hiện trả tiền thuê đất theo quy định của pháp luật hiện hành và không tính tiền thuê đất vào giá trị doanh nghiệp.
Nhưng hiện nay, theo quy đinh tại khoản 6, Điều 1, Nghị định số 189/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ, thì đối với những diện tích đất doanh nghiệp cổ phần hóa đã được giao đất và đã nộp tiền sử dụng đất cho ngân sách nhà nước hoặc nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp để chuyển nhượng hoặc cho thuê, thì phải xác định lại giá trị quyền sử dụng đất để tính vào giá trị doanh nghiệp.
Việc xử lý đất đai và xác định giá trị đất khi chuyển nhượng vốn nhà nước tại các doanh nghiệp theo điều 39 Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất kinh doanh tại doanh nghiệp năm 2014 việc chuyển nhượng vốn liên quan đến quyền sử dụng đất phải tuân thủ quy định của pháp luật về đất đai, việc chuyển nhượng vốn tại công ty cổ phần chưa niêm yết hoặc chưa đăng ký giao dịch trên thị trường chứng khoán thực hiện đấu giá đất công khai.
Trường hợp đấu giá công khai không thành công thì thực hiện chào bán cạnh tranh; trường hợp chào bán cạnh tranh không thành công thì thực hiện theo hình thức thảo thuận.
Bộ Tài chính cũng cho biết, tại Khoản 1, Điều 38, Nghị định số 91/2015/NĐ-CP ngày 13/10/2015 của Chính phủ quy định: “Việc xác định giá khởi điểm đối với phần vốn nhà nước trước khi tổ chức bán đấu giá công khai hoặc thỏa thuận được thực hiện thông qua tổ chức có chức năng thẩm định giá theo quy định của pháp luật về thẩm định giá đảm bảo xác định đầy đủ giá trị quyền sử dụng đất giao hoặc nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp theo quy định của pháp luật về đất đai… tại thời điểm chuyển nhượng vốn. Việc chuyển nhượng vốn nhà nước có liên quan đến quyền sử dụng đất phải tuân thủ quy định của pháp luật về đất đai”.
Theo văn bản của Bộ Tài chính, hình thức đấu giá quyền sử dụng đất được tính trong các trường hợp đầu tư xây dựng nhà ở để bán hoặc cho thuê hoặc cho thuê mua hay giao đất, cho thuê đất đối với đất Nhà nước thu hồi do sắp xếp lại, xử lý trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh mà tài sản gắn liền với đất thuộc sở hữu Nhà nước. Các trường hợp không đấu giá gồm giao đất không thu tiền sử dụng đất, các trường hợp khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Tuy nhiên, hiện nay tại Hà Nội và TP.HCM, cùng nhiều địa phương khác, khi giao đất, cho thuê đối với đất Nhà nước thu hồi do sắp xếp lại, xử lý trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh mà tài sản gắn liền với đất thuộc sở hữu Nhà nước, đã không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất, nhưng chưa được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ.
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng cho rằng, Thông tư số 36 của Bộ Tài nguyên và Môi trường chưa quy định cụ thể về phương pháp xác định giá đất đảm bảo minh bạch, sát giá thị trường, nên thực tế tại nhiều dự án chuyển đổi mục đích sử dụng khi xác định giá đất để tính thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chưa sát với giá trị trường làm thất thu cho ngân sách Nhà nước.
Cụ thể, Bộ Tài chính cho biết, căn cứ báo cáo rà soát của Tổng cục Thuế (sơ bộ) tính từ ngày 1/7/2014 đến ngày 30/11/2016 có 60 trường hợp doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp nhà nước cổ phần được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng đất.
Theo đó, việc cổ phần hoá doanh nghiệp nhà nước, nhất là những doanh nghiệp nhà nước đang được cho thuê đất ở những vị trí có giá trị trương mại ở trung tâm thành phố, tuy nhiên việc xác định giá trị doanh nghiệp trong thời kỳ chế độ quy định không tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, nhưng không thực hiện đấu giá khi cổ phần hoá.
Do đó, Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ giao Thanh tra Chính phủ tham khảo danh sách 60 trường hợp doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp nhà nước cổ phần chuyển đổi mục đích sử dụng đất để thực hiện dự án đầu tư nhằm chấn chỉnh và xử lý kịp thời các tồn tại trong quản lý và sử dụng đất đai.
Trong danh sách 60 doanh nghiệp chuyển đổi mục đích sử dụng đất của Bộ Tài Chính, địa phương bị kiến nghị thanh tra nhiều dự án nhất là Hà Nội với 25 dự án, TP.HCM có 13 dự án, Nghệ An có 12 dự án, Quảng Ninh 3 dự án…
Đồng thời, Bộ Tài chính cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ yêu cầu chủ tịch UBBD các tỉnh, thành phố tạm thời đình chỉ thi công các dự án xây dựng nhà cao tầng đang khiển khai thực hiện tại trung tâm thành phố lớn mà chưa thực hiện đúng thẩm quyền giao sử dụng đất không qua đấu giá và phải tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo đúng quy định.
