Hiệp hội các Nhà đầu tư tài chính Việt Nam (VAFI) đánh giá, doanh thu lợi nhuận của Cảng Quy Nhơn trong mô hình doanh nghiệp nhà nước rất thấp, chi phí cao không tương xứng với thực trạng của cảng.
Kết luận thanh tra toàn diện việc cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn được Thanh tra Chính phủ thông báo ngày 17/9/2018 cho thấy nhiều sai phạm của Bộ Giao thộng vận tải và UBND tỉnh Bình Định.